Cuando ejecutaba el tomcat 5.5 sobre Ubuntu, de manera local (desde el usuario) las aplicaciones se ejecutaban correctamente. Pero cuando quería correrlo desde un demonio como parte del sistema, siempre mandaba un error de seguridad. Después de revisar por ahí, encontré que el ubuntu pone algunas seguridades sobre las acciones desde el tomcat. Edité este archivo /etc/tomcat5.5/policy.d/50user.policy y agregué lo siguiente: grant codeBase "file:/var/lib/tomcat5.5/webapps/ mi-aplicacion-web /-" { permission java.security.AllPermission; permission java.net.SocketPermission "127.0.0.1:3306", "connect,resolve"; permission java.net.SocketPermission "*.noaa.gov:80", "connect"; permission java.io.FilePermission "/var/lib/tomcat5.5/webapps/ mi-aplicacion-web /WEB-INF/logs-", "read,write,delete"; }; ... y vaya que resultó